Anche i personaggi da scegliere sono cambiati (e sono molto più giovani dei precedenti). Il personaggio maschile si chiama Hajime, mentre quella femminile Hitomi. Anche questa volta dovremo affrontare un team nemico, il Team Yamiyami. Dovremo quindi cercare di contrastare i loro piani facendoci aiutare dai Pokémon. Il metodo di cattura è sempre lo stesso e sembra anzi semplificato. Inoltre potrete collezionare speciali carte che vi permetteranno di potenziare lo Styler di Cattura. Altra novità riguarda la collaborazione dei Pokémon. Infatti ci sono alcuni Pokémon che vi permetteranno di superare fiumi o di volare stando sulla loro groppa.

Anchq qui le missioni non mancano. Oltre alle normali missioni che vi verranno assegnate durante il gioco, avrete la possibilità di compiere altri 3 tipi di missioni: 6 Mission Quests che vi permetteranno di sfidare Regigigas (ma solo se avrete in squadra i tre Regi); 3 Missioni Speciali che vi permetteranno di ottenere e trasferire in D/P Manaphy, Riolu e Darkrai (il primo quando diverrete un ranger, gli altri due solo dopo aver finito la Modalità Storia ed essere diventato un Ranger di livello 10); 3 Missioni Extra che vi permetteranno di sfidare Palkia, Dialga e Shaymin (ma questi Pokémon non potranno essere trasferiti).